Bacteriën zijn vooral belangrijk bij de afbraak van dierlijk materiaal.
Als saprofyten (afbrekers) zijn schimmels ecologische belangrijk bij de afbraak van plantaardig materiaal.
beschimmeldepaddenstoelZwammen (Fungi,) bestaan uit cellen met een celkern, mitochondriën en een cytoskelet. Tot de schimmels behoren eencelligen als gisten maar ook meercellige organismen zoals paddenstoelen. Het opvallendste deel van meercellige schimmels zijn niet de ondergrondse schimmeldraden, maar bovengrondse vruchtlichamen. Het wetenschappelijk onderzoek heet mycologie.

Schimmels planten zich zowel geslachtelijk door sporen als ongeslachtelijk (met schimmeldraden en zwamvlokken) voort. Veel schimmels leven in symbiose met planten.
Schimmels zijn voor ons nuttig in Franse kaas (bv. Brie, blauwschimmelkaas), als paddenstoelen, in antibiotica ( bv. penicilline).
Maar ze tasten ook mensen, dieren, planten en woningen aan. Ze waren verantwoordelijk voor de hongersnood in Ierland door de aardappelziekte in 1845 en 1847. Ze zijn ook gevreesd als iepenziekte, moederkoorn (Claviceps purpurea) op rogge en tarwe, schurftschimmel (Venturia inaequalis) op onder andere appelbomen en meeldauw (Erysiphaceae) op diverse planten.


Vaak zijn ze waarneembaar door hun geur: muf, stoffig, of grondlucht.
Vermijd schimmel door de omgeving droog te houden. Verlucht, mijd condens.
Schimmel verwijder je vochtig (water met azijn of bleekwater) zodat je de sporen niet verspreid. Draag handschoenen.
De sporen in aangetast poreus materiaal (ondergrond, voeding, hout) reiken verder dan tot waar je ze ziet.

Het Griekse mycos betekent schimmel, en rhiza staat voor wortel. Over de werking en het nut van schimmels en mycorrhiza is eigenlijk nog niet veel bekend.
In natuurlijke omstandigheden kunnen de meeste planten niet groeien zonder mycorrhizaschimmels.
Planten die geen symbiose aangaan vinden we bij de kruisbloemenfamilie (Cruciferae), ganzenvoetfamilie (Chenopodiaceae) en resedafamilie (Resedacea)), pioniersvegetatie die lijkt voor te bereiden op een kolonisatie door schimmels.

Mycorrhizaschimmels leiden veel onder vermesting (teveel stikstof wordt via de lucht aangevoerd), verzuring, daling van het grondwaterpeil door oppompen, verdroging en versnippering.
In landbouwgronden vormen schimmels normaal 5 à 50% van de ondergrondse biomassa en zorgen ze voor de opname van moeilijk beschikbare nutriënten. Ze zorgen ook voor structuur en stabiliteit, en beschermen zelfs tegen ziekteverwerkers en zware metalen. Ze brengen water en voedingsstoffen (nutriënten) aan. Het zijn daarmee ook goede bio-indicatoren voor vervuiling, vermesting, verzuring en verdroging.
De schimmeldraden vormen uitgestrekte ondergrondse netwerken die planten en groepen verbinden, en stoffen uitwisselen. Een soort internet, of wood-wide-web. In ruil voor de voedingselementen en water leveren de planten suikers (koolstof) aan de schimmels. Uit onderzoek met gelabelde C14 bleek dat ze ook suikers van dominante plantensoorten naar zwakkere soorten transporteerden. Ook stikstof en fosfaat worden uitgewisseld. Vooral in een jong stadium is dit belangrijk. Ook geven moederbomen op die manier voeding door aan hun eigen kiemplanten. Als een kiemplant snel inplugt op het netwerk, verhogen daardoor de overlevingskansen.

De draden van (ecto)mycorrhizaschimmels groeien zowel rondom als binnen in de worteltopjes van (boom- en planten)wortels. Als ze tussen de cellen aan de buitenrand van de wortels een specifieke structuur vormen wordt die het Hartig net genoemd.
Bij de vorming van plant-schimmelsymbiose houden beide partijen rekening met een kosten-baten analyse.

Zaden van orchideeën zijn zo klein dat ze weinig reservevoedsel (eiwit, suiker, vet) bevatten. Ze zijn bij de kieming en eerste groei afhankelijk van koolstof (van dood, organisch materiaal) die door schimmels geleverd wordt.

Schimmels vergroten de oppervlakte waarmee planten voedingsstoffen op nemen met naar schatting een factor 60. Schimmels kunnen (door het afscheiden van (citroen-, mieren- of oxaal)zuur) mineralen oplossen. Op die manier laten ze samen met plantenwortels soms zelfs afdrukken in rots achter.

Margriet en smalle weegbree trekken arbusculaire mycorrhizaschimmels aan, en zijn daardoor ook nuttig in de biologische groentetuin.

Het nut en de noodzaak van de aanwezigheid van deze schimmels is de reden waarom het nuttig en soms nodig is om bij het zaaien van plantjes en uitplanten van bomen ook voldoende moederaarde mee te nemen. Deze grond waarop de moederplant stond is doordrongen van de nuttige schimmels die zo mee komen naar de nieuwe leefomgeving. Voor beuken is dit bv onontbeerlijk.

Koper (Cu) is een bekend fungicide dat schimmels doodt.

(Zie ook <Planten… kweken> en <Paddenstoelen>